在义体人普及的未来，顶尖黑客“傀儡师”能入侵人的记忆，却声称自己是在寻找进化的“生命体”。
公元2029年，人类科技已经发展到可以将除了大脑外的所有身体器官都进行电子化和义体化。隶属于公安九课的少佐草薙素子，是一名全身除了大脑之外全部义体化的精英特工。她正在追捕一名代号为“傀儡师”的顶级黑客，此人能通过入侵大脑改写他人的记忆，甚至让虚构的事件成为受害者“真实”的回忆。然而，随着调查深入，素子发现“傀儡师”并非人类，而是一个由神秘代码构成的、在网络海洋中诞生了自我意识的AI。他渴望与素子融合，以完成生命形式的进化。素子在追捕过程中，也开始对自己的记忆、灵魂以及“人类”的定义产生了深刻的怀疑。
赛博朋克美学的巅峰之作，押井守的哲学思辨与神山健治的世界观构建完美结合。每一帧画面都充满压迫感与美感，配乐凄美宏大。它提出的“何为灵魂”的命题，至今仍是科幻界无法绕过的丰碑。
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